Wielkie badania na Śląsku. Będzie wiadomo, jaki wariant wirusa jest wśród nas

Realizacja projektu ma zakończyć się pod koniec sierpnia br. Laboratorium zakupi dodatkowe urządzenia i odczynniki do badań pozwalających na ocenę różnorodności występowania wariantów COVID-19. Będzie to urządzenie do przeprowadzania automatycznej elektroforezy kapilarnej, wysokoprzepustowy sekwenator nowej generacji NGS, zestaw odczynników do izolacji wirusowego RNA z badanych próbek, stosowanych w systemach zamkniętych i odczynniki do wykonywania oznaczeń na aparacie Fragment Analyser oraz termocykler. Doposażenie usprawni i przyspieszy obecnie prowadzone w laboratorium procesy diagnostyczne - zwiększy przepustowość oraz wykrywalność COVID-19. Zdolność realizacji testów wzrośnie z 5-6 tysięcy testów na dobę nawet do 12 tysięcy!

- Rozwój badań nie byłby możliwy bez tak znaczącego wsparcia – nie ma wątpliwości dr Anna Bednarska-Czerwińska, wiceprezes Gyncentrum i dyrektor ds. medycznych.

Policzą warianty genetyczne wirusa
Mimo że wirus SARS-CoV-2 mutuje wolniej niż inne wirusy np. grypy to, jak pokazują ostatnie wydarzenia z Wielkiej Brytanii, pojawianie się nowych odmian koronawirusa jest nieuniknione. Prawdopodobieństwo wykrycia różnych wariantów wirusa jest szczególnie wysokie w tak różnorodnej i dużej grupie, jaką reprezentują mieszkańcy Śląska.

Uzyskane w toku badania dane umożliwią identyfikację ewentualnych nowo powstałych genotypów wirusa SARS-CoV-2 w populacji województwa śląskiego oraz ustalenie przebiegu COVID-19 na badanym terenie.

Z próbek wymazowych, pochodzących od pacjentów z rozpoznanym COVID-19, eksperci Gyncentrum wyizolują, a następnie szczegółowo przeanalizują genom wirusa SARS-CoV-2. Pozwoli to określić liczbę wariantów genetycznych wirusa oraz ocenić stopień jego zmienności w badanej populacji. W projekcie zbadamy dokładną sekwencję, czyli budowę - cegiełka po cegiełce, nukleotyd po nukleotydzie, materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2. Poznanie tych sekwencji, być może różnych, bo izolowanych od pacjentów z różnych obszarów regionu z dodatnim wynikiem, pozwoli porównać sekwencję wyizolowanego od nich wirusa, z sekwencją referencyjną, czyli wyjściową.

- W zależności od ilości i rozległości zmian w tej budowie będziemy mogli wnioskować, skąd dotarły na teren Śląska różne warianty wirusa, a także, w jaki sposób oraz z jakimi sekwencjami się wymieszały - tłumaczy Adam Pudełko – diagnosta laboratoryjny

Określenie wariantów genetycznych SARS-CoV-2 dla populacji Śląska umożliwi również w dalszych etapach ocenę skuteczności dostępnych na rynku szczepionek przeciwko SARS-CoV-2 dla danej odmiany wirusa.

- Na podstawie oceny sekwencji wirusa możemy wnioskować, czy odnotowana mutacja może mieć pośredni wpływ na powodzenie szczepienia w badanej grupie. Ponadto będzie to cenna wiedza w zakresie oceny tempa pojawiania się nowych wariantów wirusa, być może warunkująca modyfikację zaproponowanych szczepionek przeciwko SARS-CoV-2 - dodaje Emilia Morawiec.